中央空調冷卻循環水系統中會產生水垢、菌藻滋生及腐蝕問題。在夏季供冷期冷卻循環為敞開式系統，同時空氣塵埃中有機物、微生物等會帶入水中，冷卻水的溫度很適合菌藻的生長，不斷生長的藻類會形成生物粘泥，在管道中生成異氧菌、鐵細菌、硝化細菌、硫酸鹽還原菌等細菌的大量繁殖，造成管道內壁的腐蝕，產生鐵銹皮的脫落，影響冷凝器的換熱；循環冷卻水中還會生長軍團菌等病菌對人的身體造成傷害 。循環水的中的鈣、 鎂離子會隨著冷凝器換熱時水溫的升高生成水垢，附著在冷凝器銅管的內壁，形成致密水垢（主要是碳酸鈣垢）。水垢和污垢往往結合在一起，結垢和粘泥能引起或加重腐蝕，嚴重影響換熱。因此冷卻循環水處理的主要任務就是消除或減少結垢、腐蝕及生物粘泥的危害，以保證整個循環水系統的效率和使用年限。由于空調冷卻水系統的結垢、腐蝕和藻類滋生不是在短期內形成的，也不會在短期內對系統有破壞性的影響，往往得不到運行管理人員足夠的重視。但是“結垢、腐蝕、菌藻”是循環冷卻水系統不可忽視的問題。